İstanbulkartlarda yeterli bakiyesi bulunmayan vatandaşlara bir defaya mahsus eksi bakiyeye düşme hakkının tanınması öngörülmektedir. Vatandaşların kartında para bulunmadığı durumlarda bu hakkın devreye girmesi ve yüklenen bir sonraki bakiyede kullanılan geçiş ücretinin düşülmesi planlanmaktadır. Bu sayede ulaşımın aksamadan devam edebilmesi, İstanbulkartlara tekrar yükleme yapılmaması durumunda vatandaşların tüm ulaşım kartlarının geçici olarak iptal edilmesi